Vanhankaupunginkosken kalasto muodostuu nousukaloista (meritaimen, lohi ja vaellussiika), paikallisista kaloista (mm. ahven, hauki ja kuha) ja ongintakokoisina istutettavista kirjolohista. Satunnaisina kaloina siimanpäähän saattaa osua mm. ylemmäs jokeen istutettuja harjuksia ja taimenia ja Vanhankaupunginlahdelle istutettuja toutaimia ja karppeja ja joitakin särkikaloja. Jokisuuhun nousee myös nahkiaisia. Vantaanjoen vesistössä elää 34 kalalajia, ja monia niistä tavataan jokisuullakin.

Vaikka meritaimenen ja lohen kudusta Vantaanjoen vesistöalueella on toistuvia merkkejä, niiden kannat perustuvat suurimmaksi osaksi istutuksiin. Osa meritaimenistukkaista on 2 -vuotiaita, noin 20 cm mittaisia vaellusikäisiä poikasia, osa vuoden vanhoja, noin 10 - 12 cm mittaisia poikasia, jotka on merkitty poistamalla rasvaevä. Vaelluskokoisten poikasten istutukset ajoitetaan jäittenlähdön mukaan, paikkana joko jokisuu tai ulompi merenranta. Yksivuotiaat poikaset istutetaan alkukesästä ylemmäksi jokeen. Helsingin kaupungin velvoiteistutusten ja Helsingin kalastusalueen istutusten yhteismäärä on vuosittain noin 60 000 meritaimenta.

Riista - ja kalatalouden tutkimuslaitoksen hoitamat merialueen lohenpoikasistutukset ovat vuosittain noin 50 000 kpl, vaellussiian vuosittaiset poikasistutukset noin 200 000 kpl.

Nousukalojen vaeltamisella mereltä Vanhankaupunginlahden läpi jokisuuhun on oma rytminsä vuosivaihteluineen. Nousua turvaamaan on perustettu Suomenlinnan eteläpuolelta jokisuulle ulottuva ns. Vantaanjoen kalaväylä, jossa kalastus seisovilla pyydyksillä on kielletty. Lisäksi kaikenlainen kalastus ongintaa, pilkintää ja uistelua lukuun ottamatta on kielletty Vanhankaupunginselällä, Hopeasalmessa,Kaisaniemenlahdella, Eläintarhanlahdella, Sompasaarensalmessa ja Pohjoissatamassa huhtikuun alusta vuoden loppuun ja Kruunuvuorenselällä ja Tuulisaarenselällä huhtikuun alusta syyskuun 15. päivään klo 12.

Varhaisin vierailija on meritaimen. Harvalukuisena se tekee syönnösvaelluksia jokisuuhun huhti-toukokuussa ja vielä kesäkuussakin. Varsinaisen nousunsa meritaimen aloittaa heinäkuussa ja lisääntyvästi elokuussa. Meritaimenen hyvää nousuaikaa on elo-syyskuu ja lokakuu, satunnaisesti marraskuu. Lohen nousu alkaa elo-syyskuulta ja päättyy marraskuussa.

Itähaaran rakentamisen jälkeen sekä meritaimenen että lohen nousu itähaaran koskesta on tapahtunut nopeasti ja vaivattomasti, yleensä yöaikaan. Seuraava pysähdyspaikka on Kuninkaankartanonsaaren yläniska ja suvanto. Lohien ja meritaimenien tiedetään nousseen läpi Ruutinkosken, Pitkäkosken ja Vantaankosken aina Nukarinkoskille saakka. Saaliiksi saatujen meritaimenten koko on vaihdellut 1,5 - 5 kg välillä. Lohien koko on vaihdellut 5 - 10 kg välillä.

Vaellussiian nousu alkaa syyskuun puolivälin jälkeen, yleisemmin kuitenkin lokakuun puolella ja päättyy jäiden tuloon. Jostakin syystä siika ei nouse ylös uusitusta itähaaran koskesta vaan jää alapään hitaampaan virtaan ja alimpiin koskikuoppiin. Vaellussiikojen koko asettuu 0,8 - 4 kg välille.

Kalojen alamitat
- merilohi 60 cm
- taimen 50 cm
- kuha 40cm- harjus 30 cm.