Kaikki purkujäte lajitellaan ja kierrätetään mahdollisuuksien mukaan. Teräs ja muu metallijäte menee jatkokäyttöön, samoin haitta-aineista puhtaat betonirakenteet jalostetaan maarakennusmateriaaliksi.
Eteläsataman matkustajaliikennettä siirretään Katajanokalle ja Länsisatamaan. Nykyisin Tallinnan matkustajaliikenne hoidetaan Katajanokalta ja Länsisatamasta, ja Tukholman liikenne sekä Eteläsatamasta että Katajanokalta.
Makasiiniterminaali otettiin käyttöön vuonna 1960. Se suunniteltiin alun perin satamamakasiiniksi. 1990-luvulta lähtien rakennus toimi matkustajaterminaalina, mistä kulki pika-aluksia Tallinnaan.